Томск основан в 1604 году на земле татарского князя Таяна, в подчинении которого было 300 человек. Таян принял русское подданство и просил о защите, обещая царю Борису содействовать в покорении других соседних племен. Царь Борис Федорович указал боярскому сыну В.Ф.Тырнову и казацкому старшине Г.И.Писемскому заложить на правом берегу Томи, близ впадения в нее реки Ушайки , крепость. Крепость назвали по реке Томском.
С этого времени Томск приобрел большое значение в деле покорения инородцев, живших к югу от него. В 1614 году взбунтовавшиеся киргизы и татары подступили к Томску, осадили город и разграбили окрестности. Такие же грабежи повторились в 1617, 1657 и 1698 годах. С построением Енисейска и Красноярска в первой половине 17 века роль Томска становиться менее значительной и лишь с 1830-х годов он превращается в крупный торговый и транзитный центр на Сибирском тракте. Здесь складировались и переплавлялись грузы, идущие из Европейской части России в Сибирь и обратно. С открытием железнодорожной ветки к Транссибирской железнодорожной магистрали в 1896 году экономическое и культурное значение Томска резко возросло.
В 1629 году Томск становиться областным городом ; в 1708 году, с образованием Сибирской губернии, он остался уездным городом; в 1719 году причислен к Енисейской провинции, в 1726 году - к Тобольской; в 1782 году Томск стал областным городом, в 1797 году перешел в качество окружного города в состав Тобольской губернии, а в 1804 году назначен губернским центром Томской губернии.
В наше время Томск является областным центром.
В 1750 году он представлял собой деревянный рубленный город, построенный после пожара 1648 года. В нем проживало около 500 разночинцев, 900 посадских, 100 боярских и дворянских детей, 350 казаков и около 100 татар, калмыков и др.
В 1870 году в Томске насчитывалось более 25 тысяч человек. В нем было 19 церквей, мужской монастырь и мечеть, центральная пересылочная тюрьма, городской тюремный замок и при нем больница, военный лазарет, 8 учебных заведений, театр.
В 1880 году в Томске открылся первый в Сибири университет.
Современный Томск - крупный промышленный и культурный центр Сибири. Его основными отраслями промышленности являются машиностроение и металлообработка, химическая, деревообрабатывающая и пищевая. В Томске находится филиал Сибирского отделения РАН. Известен он и как студенческий город.
К числу учреждений культуры относятся театры, музеи, Сибирский ботанический сад, планетарий. Сохранились многие памятники архитектуры. Особый колорит городу придают деревянные дома 19 века, украшенные резьбой.